Su principal objetivo es conducir, coordinar y ejecutar los planes, programas y estrategias de modernización y supervisión de las empresas públicas y sociedades del Estado prestadoras de servicios públicos. El Ministro de Hacienda ejerce la Presidencia del CNEP de manera permanente. 

Para el cumplimiento de sus funciones, el CNEP cuenta con la Dirección General de Empresas Públicas (DGEP) constituyéndose en su órgano interno y ejecutor de decisiones. La Unidad está conformada por un Director y tres Jefaturas de Departamento en las áreas de Control de Gestión, de Estudio y Planificación, y de Regulación. Además cuenta con un equipo profesional multidisciplinario, organizado en grupos de trabajos para supervisar cada una de las empresas públicas.

Su origen se remonta en el año 2006 con la creación del Consejo Supervisor de las Empresas del Estado, el cual evolucionó en el año 2008 hacia el Consejo de Empresas Públicas, y que finalmente se concretó en el año 2013 con la Ley N° 5058, que le da estatus de Ley al Consejo Nacional de Empresas Públicas. 

Las empresas públicas son: Compañía Paraguaya de Comunicaciones S.A. (COPACO), Empresa de Servicios Sanitarios del Paraguay (ESSAP), Administración Nacional de Electricidad (ANDE), Administración Nacional de Navegación y Puertos (ANNP), Dirección Nacional de Aeronáutica Civil (DINAC), Industria Nacional del Cemento (INC), Petróleos Paraguayos (PETROPAR), Cañas Paraguayas Sociedad Anónima (CAPASA) y Ferrocarriles del Paraguay SA (FEPASA).